2020年，国科大南京学院与江苏省教育厅签署全面战略合作协议，发挥科教融合优势，与省、部属重点高校实施“卓越研究生”联合培养计划，重点在地理学、环境科学与工程、生态学、农业资源与环境、地质学、生命科学、物理学、计算机科学、软件工程、人工智能、集成电路、通信工程、材料工程、能源动力等领域开展合作，共同培养高层次拔尖创新人才。

目前，国科大南京学院已先后与南京信息工程大学、南京邮电大学、河海大学、南京师范大学建立“卓越研究生”联合培养合作，联合培养高校在每年的研究生招生目录中单列联合培养招生计划，具体信息可点击网址查询（https://njc.ucas.ac.cn/zs/zsml.htm）。

培养模式

与南京信息工程大学、河海大学、南京邮电大学联合培养研究生实行全过程培养，联合培养研究生入学后即进入国科大南京学院进行集中教学及各科教融合单位学习并从事科研工作，联合培养研究生由国科大南京学院、联合培养高校双方导师联合指导，国科大南京学院导师为第一导师，负责联合培养研究生的课程选择、科研、论文指导等工作。双方导师建立双向沟通机制，定期交流学生培养事项，探讨深化合作模式和路径。

奖助体系

联合培养研究生既享有国科大南京学院在校生同等权利和包括教学、科研、后勤保障以及研究助理津贴、困难学生补助等方面同等待遇，同时享有学籍所在高校的奖助津贴和评奖评优资格。

学籍及学历学位

联合培养研究生学籍归属所在的联合培养高校，联合培养研究生（全过程培养）在完成培养方案中规定的课程、学分、培养环节、论文撰写、学位论文答辩，且满足学籍所在高校规定的最低申请学位的学术成果要求后，由学籍所在高校进行学位授予并颁发学历学位证书。